二者很难说哪个比较好，二者之间各自有各自的特点，如果小伙伴们想选择的话，可以根据二者之间的不同判断，个人更加的倾向于哪一个。
最主要的区别:1.民办高校是按照民办教育促进法设立的，而独立学院是教育部行政规章设立的。独立学院一定是本科，而民办高校专本科都有。
2.独立学院的举办方一定是普通高校，合作方是社会力量，而民办则只有社会力量作为举办者，这是区分两者的最简单的一点。
3.民办就是有自己的校名，自己组织机构，自己的师资，自己的校园，自己独立颁发毕业证书。
4.独立学院一般设在某个大学名下。比如山西大学商务学院，海南大学三亚学院等，这些学院，可能和挂名的大学同在一个校园，也可能有师资等方面的共享和交流，而民办学院没有这方面的优势。
两者都是企业法人性质，有独立的财政体系，自付盈亏，处于全部自费状态。
5.独立学院可以毕业时，如果成绩好可以推荐使用挂名院校的毕业证。这种毕业证可能也略有差别。比如北大本校毕业生领取红色的毕业证，而独立学院的北大毕业证是蓝色的。
民办院校和独立院校民办学校，是指国家机构以外的社会组织或者个人，利用非国家财政性经费，面向社会依法举办的学校或其他教育机构。
民办学校有三个明显特征：
1.举办人不是国家机构；
2.资金来源于非国家财政性经费；
3.面向社会举办学校，也就是面向社会招收学生和学员，服务于不特定的群体和公民个人，而不是只招收某个团体、企业、行业、系统和特定群体的人为学生或学员。
独立学院，是二级学院，独立学院是由普通本科高校按新机制、新模式举办的本科层次的二级学院，是普通高校的优势办学资源与优质社会资本相结合的民办高等教育机构。它拥有独立的法人资格、独立的校园校舍、独立的教学和财务管理、独立招生和颁发文凭资格。独立学院采取民办机制，收费比普通高校高出许多。独立学院是由普通本科高校（申请者）与社会力量（合作者，包括企业、事业单位，社会团体或个人和其他有合作能力的机构）合作举办的进行本科层次教育的高等教育机构。国家规定，申请者要对独立学院的教学和管理负责，并保证办学质量；合作者要负责提供独立学院办学所需的各项条件和设施，参与学院的管理、监督和领导。独立学院应具有独立法人资格，独立的校园校舍，独立进行教学和财产管理、招生和颁发毕业证书。由于独立学院属于本科层次，所以由教育部负责审批。凡未经教育部审批的，国家均不承认其学历。
