1.上海交通大学医学院附属瑞金医院（全国医院排名第4，华东地区排名第1）。
1. 全国排名医疗科室：内分泌科、血液净化中心、血液科、呼吸内科、急诊呼吸内科、烧伤/整形外科、皮肤科、感染科、核医学科、普通外科、心脏外科、心外科、乳腺外科、风湿科。免疫学、肾脏病学、心血管内科、急诊神经内科、神经内科、胸外科、急诊科、检验科等
2、国家重点医疗科室：消化内科等。
3、华中地区排名科室：心内科、心外科、康复医学等。
2.复旦大学附属中山医院（全国第5，华东地区第2）。
1.全国排名医疗科室：普通内科、心血管内科、普通外科、核医学科、心脏外科、心脏外科、胃肠外科、乳腺外科、肝肿瘤外科、甲状腺外科、血管外科、内窥镜中心、呼吸外科。内科、胸外科、呼吸外科、麻醉科、整形外科、消化内科、肾脏内科、内分泌科、放射治疗科、超声科等
2、国家重点科室：护理科、中西医结合科、耳鼻咽喉科、眼科、肝肿瘤科、中医科、神经外科、泌尿外科等。
3、市内主要科室：骨科、康复科等。
3.复旦大学华山医院（全国医院排名第8，华东地区第5）。
1.全国排名医疗科室：皮肤科、感染科、康复科、神经外科、运动医学科、神经内科、过敏科、检验科、放射科等。
2、国家重点医疗科室：中西中西医结合科、肿瘤科、消化内科、内分泌科等。
3、华东地区排名科室：肾内科、过敏科、骨科、手外科、麻醉科等。
4.上海交通大学医学院附属仁济医院（全国医院第18位，华东地区第8位）。
1、全国排名医疗科室：消化内科、风湿科、变态反应科、泌尿科、麻醉科、疼痛科、妇产科、妇产肿瘤科、生殖医学科等。
2、国家重点医疗科室：心血管内科、肾内科、胃肠外科、胆胰外科、血管外科、神经外科等。
3、市内主要医疗科室：肝外科、肿瘤科等。
5、上海交通大学医学院附属第九人民医院（全国医院排名第22位，华东地区第10位）。
1.全国排名科室：伤口修复科、整形外科、激光美容科、口腔外科、口腔修复科、普通口腔外科、正畸科、口腔粘膜疾病科、口腔种植科、牙周科、牙髓科、耳鼻咽喉科、头颈外科、眼科等。
2、国家重点医疗科室：心血管内科、骨科等。
6、上海市第六人民医院（全国医院排名第28位，华东地区医院排名第12位）。
1.全国排名医疗科室：骨科、骨质疏松科、内分泌代谢科、运动医学科、耳鼻咽喉头颈外科、内科超声等。
2、国家重点医疗科室：针灸创伤科、超声科、胸外科等。
3、市内主要科室：放射科、病理科、药剂科等。
7.复旦大学附属肿瘤医院徐汇院区（专科）（全国医院第30名，复旦地区第15名）：
1.全国排名医疗科室：胰腺外科、普通治疗科、胸外科、胃外科、乳腺外科、肝外科、结直肠外科、神经外科、介入医学、泌尿外科、骨与软组织外科、妇科肿瘤科、乳腺泌尿肿瘤科。内分泌科、消化肿瘤科、淋巴瘤科、胸部肿瘤科、神经内分泌肿瘤科、肿瘤预防科、头颈外科、中西结合科、放射治疗中心、放射诊断科、诊断病理科等（以上科室全国都有2-3个，厉害）。
复旦大学儿科医院（儿童）（全国医院第39位） 8.
1.全国排名医疗科室：心血管内科、心血管中心、肾脏内科、呼吸内科、内分泌科、遗传代谢科、神经内科、血液科、风湿科、儿科研究所、新生儿科、普通外科、新生儿外科、胃肠科、感染科、重症内科内科、儿科、心血管外科等（以上科室全国排名第1）（以下科室排名全国第2） 颅神经外科、泌尿外科、整形外科、肿瘤外科、耳鼻咽喉科、头颈外科等。
2、国家重点医疗科室：中医、普外科等。
9.上海长海医院（全国医院第41位，复旦地区第14位）。
1.全国排名医疗科室：消化内科、烧伤外科、泌尿外科等。
2、国家重点科室：心血管外科、脊柱外科、麻醉科、整形外科、核医学科、
3. 市町村主要科室：心脏病科等。
10、上海交通大学医学院附属新华医院（全国医院排名第44位，华东地区医院排名第18位）。
1.全国排名医疗科室：疼痛科、上海儿科、新生儿科、小儿感染科、小儿消化/营养科、小儿肺科、小儿心脏病科、小儿肾内科、小儿神经内科、小儿外科、小儿骨科、小儿泌尿外科、小儿神经外科等。
2、国家重点医疗科室：耳鼻咽喉/头颈外科、检验科、急诊科、皮肤科、口腔科、心血管内科、普外科、心胸外科、肛肠外科、骨科等。
3、华东地区院系排名：药学院等。
11、上海肺科医院（专科）（全国医院排名第49位）。
1、全国排名科室：胸外科、结核科、上海肺科医院重点实验室等。
2、国家重点科室：尘肺科、中毒科等。
3.市内主要科室：呼吸/重症内科、中西中西医结合科等。
12、复旦大学眼耳鼻喉医院（专科）（全国医院排名第54位）。
医疗科室全国排名第一：眼科、耳鼻喉科、小儿耳鼻喉科、咽科、耳鼻咽喉中心、耳鼻咽喉科、其他耳鼻喉科、耳鼻喉科检测中心、鼻科、头颈外科等（以上科室）（全国排名第一）国家）。 （日本第3位）眼科、白内障、晶状体、青光眼、验光等
13、上海市第一人民医院（全国医院排名第82位）。
1、全国排名科室：上海交通大学眼科研究所、上海市眼底病重点研究所、上海市眼病防治中心、上海市眼科研究所、上海市视力恢复临床医学中心、眼科临床医学中心等。
2、国家重点医疗科室：普外科、耳鼻喉科、头颈外科等。
14、上海儿童医学中心（全国医院排名第83位）。
全国排名科室：发育与行为儿科、新生儿科、传染病科、胃肠科、肺科、心脏病科、肾脏科、血液肿瘤科、神经内科、普通外科、骨科、泌尿外科、心胸外科、神经外科、重症医学科等。
15、复旦大学附属妇产医院（全国医院排名第86位）。
国家级科室：妇科内分泌与生殖医学科、妇产科遗传学中心、妇科、普通妇科、妇科肿瘤科、计划生育科、中西医结合妇科等。
16、上海胸科医院（全国医院排名第87位）。
1、全国排名科室：上海肺肿瘤临床医学中心、胸外科等。
2.国家重点医疗科室：心脏病科等。
3、华东地区排名科室：心血管内科、心脏大血管外科、肿瘤科、中西医结合肿瘤科等。
17、上海长征医院（全国医院排名第91位）。
1、全国排名科室：骨科研究所、脊柱外科、关节外科、骨科创伤外科、骨肿瘤外科、诊断放射科等。
2、国家重点医疗科室：中医、肛肠外科、血管外科、胸外伤中心、泌尿外科、心血管内科、消化内科、胸外科、胃肠外科、胰胆外科等。
3、市内主要医疗科室：麻醉科、皮肤科、神经外科等。
18、上海市精神卫生中心（全国医院排名第92位）。
全国排名院系：咨询心理学、成瘾与法医精神病学、临床心理学、精神分裂症、精神病学、临床精神病学、生物精神病学、公共卫生与精神病学、临床精神病学研究室等。
19.上海市公共卫生临床中心（全国医院排名第92位）。
1、全国排名科室：胸外科、结核科等。
2、国家重点科室：中西医结合科室等。
3、华东地区排名科室：肝胆内科、感染免疫学、肝内科、危重肝病医学等。
4、各市重点医疗科室：妇产科等。
20.上海市第十人民医院（国家重点医院）。
1、国家重点科室：消化内科、特供科室等。
2、本市优先专业领域：超声诊断、临床药学、药学系等。
上海市第一妇幼保健院（地区重点科室医院）。
1、华东地区排名科室：产科内分泌、产科早产、产科胎盘疾病、产科高血压、妇科高诊中心、妇科肿瘤等。
2、市内主要医疗科室：急诊妇科、生殖外科等。
21.上海中医药大学附属曙光医院（国家重点医院）。
1、国家重点医疗科室：心血管内科、肾内科、呼吸内科、内分泌科、肛肠科、儿科、耳鼻喉科、针灸科、肝病科等。
2.市内主要医疗科室：神经内科、肝内科、神经内科等。
22.上海中医药大学附属龙华医院（国家重点医院）。
1、国家重点医疗科室：脾/消化内科、肾内科、风湿/免疫内科、肛肠科、骨科、肿瘤内科、儿科、眼科、中医乳腺科等。
2、市内主要医疗科室：中医外科、肿瘤科、肾内科等。
以及上海同济医院、上海儿童医院、复旦大学附属华东医院、上海东方医院、海军专科医疗中心、上海第七医院等
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